28/08/2012 - A passagem de Caio Júnior pelo Bahia chegou ao fim nesta segunda-feira. Após o empate em 1 a 1 com o Atlético-GO, o treinador conversou com a diretoria do clube e pediu demissão. A direção da equipe baiana inicia agora a busca por um treinador para comandar o time na luta contra o rebaixamento no segundo turno da Série A do Campeonato Brasileiro. Caio Júnior foi contratado pelo Bahia no dia 23 de julho deste ano e ficou pouco mais de um mês no comando do time. O treinador chegou ao time baiano com a missão de substituir Paulo Roberto Falcão, demitido após um aproveitamento de 48,4% durante o Campeonato Baiano, Copa do Brasil e Série A.
No Bahia, o treinador indicou contratações como o atacante Cláudio Pitbull e o meia Caio César. O treinador dirigiu o time por 10 partidas – sendo duas pela Copa Sul-Americana. O aproveitamento total no comando do Tricolor foi de 30%, coms duas vitórias, três empates e cinco derrotas. Em seu pedido de demissão, Caio Júnior informou à diretoria do Bahia que o filho e a mulher estão indo morar nos Estados Unidos. O treinador, então, revelou desejo de ir junto e decidiu deixar o comando técnico do time baiano.
